vasp

VASP是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。它是目前材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商用软件之一。目前平台未购买，用户需要确保版权。

1. 安装vasp

# 导入编译器
module load intel/2017.1
tar xf vasp.5.4.4.tar.gz
cd vasp.5.4.4
cp arch/makefile.include.linux_intel ./makefile.include
make all
# 编译完成后会在vasp.5.4.4的文件夹下的bin文件夹里生成vasp_gam、vasp_ncl、vasp_std三个可自行文件。

# gpu版本安装
module load intel/2017.1
tar xf vasp.5.4.4.tar.gz
cd vasp.5.4.4
cp arch/makefile.include.linux_intel makefile.include
# 修改 -openmp 为 -qopenmp
make gpu
# GPU版本使用的时候需要载入cuda，高版本如2018的intel编译器编译时会报错

2. 提交作业

step 1. 创建工作目录；

mkdir vaspJob1
cd vaspJob1

step 2. 将运行vasp需要的相关文件上传到该文件夹下；

step 3. 在该文件夹下编写作业脚本，并命名为vaspJob1.sh，脚本内容如下；

#!/bin/bash
#SBATCH -o job.%j.out
#SBATCH --partition=C032M0128G
#SBATCH -J vasp_job_1
#SBATCH -N 2
#SBATCH --ntasks-per-node=32


# 导入运行环境
module load intel/2017.1
module load vasp/5.4.4-intel-2017.1

# 生成machinefile
srun hostname -s | sort -n > slurm.hosts

# MPI跨节点运行
mpirun -n 64 -machinefile slurm.hosts vasp_std > log

step 4. 提交作业;

sbatch vaspJob1.sh