Gaussian
Gaussian是一个功能强大的量子化学综合软件包,平台并未购买该软件,用户需要确保版权。
1. 安装Gaussian
step 1. 获取安装包到HOME目录;
step 2. 解压并安装;
cd ~
tar xf g16a03.tbz
cd g16
./bsd/install
step 3. 创建tmp文件夹用于计算时产生的临时文件;
mkdir ${HOME}/tmp
step 4. 设置运行时候的环境变量,必要的话,将其写入到bashrc中;
export g16root=${HOME}
export GAUSS_SCRDIR=${HOME}/tmp
source $g16root/g16/bsd/g16.profile
2. 提交作业
step 1. 创建作业工作目录;
mkdir g16JOb1
cd g16JOb1
step 2. 上传运行样例需要的文件到该文件夹,比如说要处理的文件为Product_1_MeSH.gjf;
step 3. 在该文件夹下编写作业脚本Job1.sh,内容如下;
#!/bin/bash
#SBATCH -o slurm.%j.%N.out
#SBATCH --partition=C032M0128G
#SBATCH -J testg16
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=32
#SBATCH --get-user-env
g16 Product_1_MeSH.gjf
step 4. 提交作业;
sbatch Job1.sh