bioconda

bioconda 就是一个conda中专门用来提供生信软件的 channel，提供有超过7000个的生信软件，以下是部分软件环境的创建安装过程。

anvio, barrnap , bbmap , blast+, bowtie2 , CheckM, circos, CompareM , concoct , DAS_Tool , dbCAN2 , diamond, drep , eggnog-mapper, fastANI, fastqc, FastTree , fq2fa , graphlan, Gtdb-Tk , hmmer , HTSeq , htslib , humann2, idba , LEfSe , mafft , MaxBin , megahit , Mash, metabat, metaphlan2, mothur, NGS QC Toolkit, picrust2, pplacer, pullseq, readfq, samtools, sickle, sortmerna, stamp, TransGeneScan, trinity, SeqPrep, metaWRAP

更多软件可查看bioconda channel搜索。

anvio安装

# 创建虚拟环境
conda create -n anvio 
# 切换到创建好的环境
source activate anvio
# 安装anvio
conda install -c bioconda anvio -y

HOME | Github

barrnap安装

# 创建虚拟环境
conda create -n barrnap 
# 切换到创建好的环境
source activate barrnap
# 安装anvio
conda install -c bioconda  barrnap -y

Github

bbmap安装

# 创建虚拟环境
conda create -n bbmap 
# 切换到创建好的环境
source activate bbmap
# 安装bbmap
conda install -c bioconda bbmap -y

HOME | Documentation

blast+安装

# 创建虚拟环境
conda create -n blast
# 切换到创建好的环境
source activate blast
# 安装blast+
conda install -c bioconda blast

HOME | FTP

bowtie2安装

# 创建虚拟环境
conda create -n bowtie2
# 切换到创建好的环境
source activate bowtie2
# 安装 bowtie
conda install -c bioconda bowtie2

HOME | Github

CheckM安装

# 创建虚拟环境
conda create -n checkm
# 切换到创建好的环境
source activate checkm
# 安装CheckM
conda install -c bioconda checkm-genome

# 下载数据,放在以下位置,其中CONDA_PREFIX是conda创建环境所在位置
mkdir $CONDA_PREFIX/checkm_data
cd $CONDA_PREFIX/checkm_data
# 下载解压，然后再删除压缩包
wget https://data.ace.uq.edu.au/public/CheckM_databases/checkm_data_2015_01_16.tar.gz
tar xf checkm_data_2015_01_16.tar.gz
rm -rf checkm_data_2015_01_16.tar.gz
# 设置checkm数据目录
checkm data setRoot $CONDA_PREFIX/checkm_data

HOME | Github

circos安装

# 创建虚拟环境
conda create -n circos
# 切换到创建好的环境
source activate circos
# 安装 circos
conda install -c bioconda circos

HOME

CompareM安装

# 创建虚拟环境
conda create -n comparem
# 切换到创建好的环境
source activate comparem
# 安装 comparem
conda install -c bioconda comparem

HOME

concoct安装

# 创建虚拟环境
conda create -n concoct
# 切换到创建好的环境
source activate concoct
# 安装 concoct
conda install -c bioconda concoct

HOME

DAS_Tool安装

# 创建虚拟环境
conda create -n das_tool
# 切换到创建好的环境
source activate das_tool
# 安装 das_tool
conda install -c bioconda das_tool

HOME

dbCAN2安装

# 创建虚拟环境
conda create -n dbcan2
# 切换到创建好的环境
source activate dbcan2
# 安装 dbcan2
conda install diamond hmmer prodigal -c conda-forge -c bioconda -y
pip install run-dbcan==2.0.11

# Database Installation
# CONDA_PREFIX是conda创建环境所在位置
cd $CONDA_PREFIX
mkdir db && cd db
wget http://bcb.unl.edu/dbCAN2/download/Databases/V9/CAZyDB.07312020.fa && diamond makedb --in CAZyDB.07312020.fa -d CAZy
wget http://bcb.unl.edu/dbCAN2/download/Databases/V9/dbCAN-HMMdb-V9.txt && mv dbCAN-HMMdb-V9.txt dbCAN.txt && hmmpress dbCAN.txt
wget http://bcb.unl.edu/dbCAN2/download/Databases/V9/tcdb.fa && diamond makedb --in tcdb.fa -d tcdb
wget http://bcb.unl.edu/dbCAN2/download/Databases/V9//tf-1.hmm && hmmpress tf-1.hmm
wget http://bcb.unl.edu/dbCAN2/download/Databases/V9/stp.hmm && hmmpress stp.hmm
cd ../ && wget http://bcb.unl.edu/dbCAN2/download/Samples/EscheriaColiK12MG1655.fna
wget http://bcb.unl.edu/dbCAN2/download/Samples/EscheriaColiK12MG1655.faa
wget http://bcb.unl.edu/dbCAN2/download/Samples/EscheriaColiK12MG1655.gff

HOME

diamond安装

# 创建虚拟环境
conda create -n diamond
# 切换到创建好的环境
source activate diamond
# 安装 diamond
conda install -c bioconda diamond

HOME

drep安装

# 创建虚拟环境
conda create -n drep
# 切换到创建好的环境
source activate drep
# 安装 drep
conda install -c bioconda drep

HOME

eggnog-mapper安装

# 创建虚拟环境
conda create -n eggnog-mapper
# 切换到创建好的环境
source activate eggnog-mapper
# 安装 eggnog-mapper
conda install -c bioconda eggnog-mapper

# 下载数据
download_eggnog_data.py
# 可能会报错不存在存放数据的目录，根据提示创建目录后再执行下载数据命令
mkdir $CONDA_PREFIX/lib/python2.7/site-packages/data

HOME | Documentation

fastANI安装

# 创建虚拟环境
conda create -n fastani
# 切换到创建好的环境
source activate fastani
# 安装 fastani
conda install -c bioconda fastani

HOME

fastqc安装

# 创建虚拟环境
conda create -n fastqc
# 切换到创建好的环境
source activate fastqc
# 安装 fastqc
conda install -c bioconda fastqc

HOME

FastTree安装

# 创建虚拟环境
conda create -n fasttree
# 切换到创建好的环境
source activate fasttree
# 安装 fasttree
conda install -c bioconda fasttree

HOME

fq2fa安装

# 创建虚拟环境
conda create -n fq2fa
# 切换到创建好的环境
source activate fq2fa
# 通过pip安装 fq2fa
conda install pip
pip install fq2fa

HOME

graphlan安装

# 创建虚拟环境
conda create -n graphlan
# 切换到创建好的环境
source activate graphlan
# 安装 graphlan
conda install -c bioconda graphlan

HOME

Gtdb-Tk安装

# 创建虚拟环境
conda create -n gtdbtk
# 切换到创建好的环境
source activate gtdbtk
# 安装 gtdbtk
conda install -c bioconda gtdbtk
# 下载数据
download-db.sh

HOME

hmmer安装

# 创建虚拟环境
conda create -n hmmer
# 切换到创建好的环境
source activate hmmer
# 安装 hmmer
conda install -c bioconda hmmer

HOME | Github

HTSeq安装

# 创建虚拟环境
conda create -n htseq
# 切换到创建好的环境
source activate htseq
# 安装 htseq
conda install -c bioconda htseq

HOME | Github

htslib安装

# 创建虚拟环境
conda create -n htslib
# 切换到创建好的环境
source activate htslib
# 安装 htslib
conda install -c bioconda htslib

HOME

humann2安装

# 创建虚拟环境
conda create -n humann2 
# 切换到创建好的环境
source activate humann2
# 安装 humann2
conda install -c bioconda humann2

HOME

idba安装

# 创建虚拟环境
conda create -n idba 
# 切换到创建好的环境
source activate idba
# 安装 idba
conda install -c bioconda idba

HOME

LEfSe安装

# 创建虚拟环境
conda create -n lefse
# 切换到创建好的环境
source activate lefse
# 安装 lefse
conda install -c biobakery lefse

HOME | bioBakery Support Forum

mafft安装

# 创建虚拟环境
conda create -n mafft 
# 切换到创建好的环境
source activate mafft
# 安装 mafft
conda install -c bioconda mafft

HOME

MaxBin安装

# 创建虚拟环境
conda create -n maxbin2
# 切换到创建好的环境
source activate maxbin2
# 安装 maxbin2
conda install -c bioconda maxbin2

HOME

megahit安装

# 创建虚拟环境
conda create -n megahit
# 切换到创建好的环境
source activate megahit 
# 安装 megahit
conda install -c bioconda megahit

Github

Mash安装

# 创建虚拟环境
conda create -n mash
# 切换到创建好的环境
source activate mash
# 安装 mash
conda install -c bioconda mash

Github

metabat安装

# 创建虚拟环境
conda create -n metabat
# 切换到创建好的环境
source activate metabat
# 安装 metabat
conda install -c bioconda metabat2

HOME

metaphlan2安装

# 创建虚拟环境
conda create -n metaphlan2
# 切换到创建好的环境
source activate metaphlan2
# 安装 metaphlan2
conda install -c bioconda metaphlan2

HOME

mothur安装

# 创建虚拟环境
conda create -n mothur
# 切换到创建好的环境
source activate mothur
# 安装 mothur
conda install -c bioconda mothur

HOME) | Github

NGS QC Toolkit安装

# 创建虚拟环境
conda create -n ngsqctoolkit
# 切换到创建好的环境
source activate ngsqctoolkit
# 安装 ngsqctoolkit 依赖
conda install -c bioconda perl perl-app-cpanminus
cpanm GD::Graph
cpanm String::Approx
# 获取压缩包
wget https://github.com/mjain-lab/NGSQCToolkit/archive/refs/tags/v2.3.zip
# 解压后可直接使用

HOME

picrust2安装

# 创建虚拟环境
conda create -n picrust2
# 切换到创建好的环境
source activate picrust2
# 安装 picrust2
conda install -c bioconda picrust2

HOME

pplacer安装

# 创建虚拟环境
conda create -n pplacer
# 切换到创建好的环境
source activate pplacer
# 安装 pplacer
conda install -c bioconda pplacer

HOME

prodigal安装

# 创建虚拟环境
conda create -n prodigal
# 切换到创建好的环境
source activate prodigal
# 安装 prodigal
conda install -c bioconda prodigal

HOME

pullseq安装

# 创建虚拟环境
conda create -n pullseq
# 切换到创建好的环境
source activate pullseq
# 安装 pullseq
conda install -c bioconda pullseq

HOME

qiime2安装

# 创建虚拟环境
conda create -n qiime2
# 切换到创建好的环境
source activate qiime2
# 安装 qiime2
conda install -c qiime2 qiime2

HOME

readfq安装

# 创建虚拟环境
conda create -n readfq
# 切换到创建好的环境
source activate readfq
# 安装 readfq
conda install -c bioconda readfq

HOME

samtools安装

# 创建虚拟环境
conda create -n samtools
# 切换到创建好的环境
source activate samtools
# 安装 samtools
conda install -c bioconda samtools

HOME

sickle安装

# 创建虚拟环境
conda create -n sickle
# 切换到创建好的环境
source activate sickle
# 安装 sickle
conda install -c bioconda sickle

HOME

sortmerna安装

# 创建虚拟环境
conda create -n sortmerna
# 切换到创建好的环境
source activate sortmerna
# 安装 sortmerna
conda install -c bioconda sortmerna

HOME

stamp安装

# 创建虚拟环境
conda create -n stamp
# 切换到创建好的环境
source activate stamp
# 安装 
conda install -c bioconda stamp

HOME

TransGeneScan安装

# 创建虚拟环境
conda create -n transgenescan
# 切换到创建好的环境
source activate transgenescan
# 安装 transgenescan
conda install -c bioconda transgenescan

HOME

trinity安装

# 创建虚拟环境
conda create -n trinity
# 切换到创建好的环境
source activate trinity
# 安装 trinity
conda install -c bioconda trinity

HOME

SeqPrep安装

# 创建虚拟环境
conda create -n seqprep
# 切换到创建好的环境
source activate seqprep
# 安装 seqprep
conda install -c bioconda seqprep

HOME

metaWRAP安装

# 创建虚拟环境
conda create -n metaWRAP
# 切换到创建好的环境
source activate metaWRAP
conda install --only-deps -c ursky metawrap-mg
# 安装1.2.3的版本会提示运行以下命令获取一些库
#quast-download-gridss
#quast-download-silva
#quast-download-busco
# data
cd ${CONDA_PREFIX}
mkdir data
cd data
# CheckM database
mkdir CHECKM_FOLDER
checkm data setRoot ${CONDA_PREFIX}/data/CHECKM_FOLDER
cd CHECKM_FOLDER
wget https://data.ace.uq.edu.au/public/CheckM_databases/checkm_data_2015_01_16.tar.gz
tar -xvf *.tar.gz
rm *.gz -f
# NCBI_nt BLAST database
cd ..
mkdir NCBI_nt
cd NCBI_nt
wget "ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nt.*.tar.gz"
for a in nt.*.tar.gz; do tar xzf $a; done
# 考虑到blast版本太低可能用不来新的nt数据，可能需要下载v4版本，不知道后期软件会不会升级相关内容，这次安装时实际上运行的是以下内容
# wget "ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/v4/nt_v4.*.tar.gz"
# for a in nt_v4.*.tar.gz; do tar xzf $a; done
# NCBI_tax BLAST database
cd ..
mkdir NCBI_tax
cd NCBI_tax
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz
tar -xvf taxdump.tar.gz


# 修改该文件
sed -i "s#^BLASTDB=.*#BLASTDB=${CONDA_PREFIX}/data/NCBI_nt#g"  `which config-metawrap`
sed -i "s#^TAXDUMP=.*#TAXDUMP=${CONDA_PREFIX}/data/NCBI_tax#g"  `which config-metawrap`

HOME

六、错误处理

1. Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve

执行以下指令

conda update -n base conda
conda update --all