MolSpin

使用singularity安装MolSpin v1.0

1. 安装

singularity build --sandbox molspin docker://centos:7.6.1810
singularity shell -w molspin

# 安装依赖
yum install epel-release centos-release-scl -y
yum install devtoolset-7 armadillo-devel -y
source /opt/rh/devtoolset-7/enable
echo "source /opt/rh/devtoolset-7/enable" >> /environment

# 注册并下载MolSpin安装包, 解压后进入
unzip -d molspin molspin-v1.0.120819.zip
cd molspin && make
cp molspin /usr/local/bin/
exit

## 退出镜像，并生成sif文件
singularity build molspin.sif molspin/

2. 运行作业

Step 1. 创建工作目录并进入；

mkdir MolSpinJob1
cd MolSpinJob1

Step 2. 上传镜像和计算需要的相关文件，平台在生科一号上制作了镜像；

Step 3. 在该文件夹下编写作业脚本，并命名为MolSpinJob1.sh，脚本内容如下，脚本内容请根据实际情况修改；

#!/bin/bash
#SBATCH -J molspin
#SBATCH -o molspin.%j.%N.out
#SBATCH --partition=C032M0128G
#SBATCH --qos=low
#SBATCH --get-user-env
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=2

module load singularity/3.2.0
# 镜像所在位置，以下位置为生科一号molspin镜像所在位置
IMG=/gpfs/share/imgs/app/molspin.sif
singularity exec $IMG  molspin -p 2 -a example.msd

Step 4. 提交作业；

sbatch MolSpinJob1.sh