conda(Python/R/生信软件)

conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换，conda支持python、R、 ruby、 lua、 scala、 java、 javaScript、 C/ C++、 fortran等多种语言，还支持大部分生信软件的安装。

首先介绍如何安装conda；接着介绍如何用conda创建虚拟环境和虚拟环境中安装软件；随后简单介绍一个例子，用conda创建python的虚拟环境；随后介绍用conda创建R语言运行环境；接着介绍用conda管理perl语言环境；最后介绍用conda安装生信软件。

首先介绍如何安装conda；

# 获得最新的miniconda安装包；
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

# 安装到自己的HOME目录下software/miniconda3中，这个目录在安装前不能存在；
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -p ${HOME}/software/miniconda3

# 安装成功后删除安装包
rm -f Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

# 将环境变量写入~/.bashrc文件中；
echo "export PATH=${HOME}/software/miniconda3/bin:\$PATH" >> ~/.bashrc

# 退出重新登录或者执行以下命令
source ~/.bashrc

# 检查是否安装成功
conda --version

随后介绍使用conda创建虚拟环境，并在虚拟环境中安装软件；

使用conda创建环境、进入环境、删除环境等；

conda info -e     # 查看已有的conda环境；
source activate env_name        # 进入指定的conda环境；
conda deactivate  # 退出当前的conda环境；
conda create -n env_name [python=<version>] # 创建环境，并指定python版本，或者安装包等；
conda remove -n env_name --all  # 删除指定环境；

使用conda在虚拟环境中安装软件；

conda list [-n env_name] # 查看当前环境(指定环境)下安装的包；
conda search pkg_name    # 查看安装包；
conda update pkg_name    # 更新指定的安装包；
conda remove pkg_name    # 卸载指定的安装包

随后简单介绍一个例子，用conda创建一个python环境；

创建一个python环境，并在虚拟环境中安装tensorflow gpu 1.14.0版本库；

# 创建时可以指定Python版本，不指定的话会使用默认的版本(miniconda自带的Python版本)；
conda create -n TensorFlow-1.14.0 -y

# 进入上一步创建好的环境;
source activate TensorFlow-1.14.0 

# 安装相应的库；
conda install tensorflow-gpu=1.14.0 # 根据自己的需要安装相应的库；

# 安装pip并使用pip安装 python 库；
conda install pip     # 环境中需要先安装pip
pip install numpy     # 根据自己的需要安装相应的库

# 退出当前的虚拟环境；
conda deactivate

随后介绍如何使用conda来管理自己的R语言环境；

R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。

# 创建虚拟环境，并在创建的时候指定安装R 3.6.0版本;
conda create -n myEnvR r=3.6.0 -y

# 进入上一步创建好的虚拟环境；
source activate myEnvR

# 安装R语言库，比如stringi
conda install r-stringi  

# 如果需要用到图形节点，安装rstudio
conda install rstudio

# 安装完后就可以用R语言环境了，如果要退出当前环境则执行以下指令；
conda deactivate

如果需要安装4.0的版本，可以通过以下步骤安装，4.0版本暂时无法通过conda安装rstudio

# 创建虚拟环境，并在创建的时候指定安装R 4.0版本;
conda create -n myEnvR4.0 r=4.0 -c conda-forge -y 

# 进入上一步创建好的虚拟环境；
source activate myEnvR4.0

# 安装R语言库，比如stringi
conda install r-stringi -c conda-forge

# 安装完后就可以用R语言环境了，如果要退出当前环境则执行以下指令；
conda deactivate

接着介绍用conda管理perl语言环境；

# 创建虚拟环境；
conda create -n myEnv

# 进入创建好的虚拟环境；
source activate myEnv

# 安装perl和cpan
conda install -c bioconda perl perl-app-cpanminus

# 安装perl相关库
cpanm My::Module

最后介绍通过conda安装生信软件。

bioconda 就是一个conda中专门用来提供生信软件的 channel，提供有超过7000个的生信软件，以下是通过conda安装生信软件的例子

# 创建虚拟环境
conda create -n anvio 
# 切换到创建好的环境
source activate anvio
# 安装anvio
conda install -c bioconda anvio -y

更多关于生信软件安装的例子，可以查看链接