VASP

VASP 是维也纳大学 Hafner 小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。它是目前材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商用软件之一。

安装 vasp

5.4.4 版本安装

未名一号、未名生科一号

# 导入 intel 编译器
module load intel/2017.1

# 解压 vasp，并进入 vasp 源文件目录进行编译
tar xf vasp.5.4.4.tar.gz
cd vasp.5.4.4
cp arch/makefile.include.linux_intel ./makefile.include
make all

# 如果编译的节点没有 GPU 卡和 CUDA 环境，会在编译 GPU 版本时报错
# 编译完成后会在 vasp.5.4.4 的文件夹下的 bin 文件夹里生成 vasp_gam、vasp_ncl、vasp_std 三个可执行文件。

# gpu 版本安装
module load intel/2017.1
tar xf vasp.5.4.4.tar.gz
cd vasp.5.4.4
cp arch/makefile.include.linux_intel makefile.include
# 修改 -openmp 为 -qopenmp
make gpu
# GPU 版本使用的时候需要载入 cuda，高版本如 2018 的 intel 编译器编译时会报错

注意

在编译 vasp 5.4.4 gpu 版本的时候发现，高于 intel parallel studio 2017 的编译器会报错，因此编译该版本的 vasp 推荐使用平台上的 intel parallel studio 2017 编译器编译

6.3.0 版本安装

6.3.0 版本不能在 centos 7 的系统上编译，同时，像未名二号使用 rocky 8 的系统上也不能成功编译 vasp 5.4.4。

未名二号

# 加载编译环境，使用 intel oneapi 2023.0
module load compiler/2023.0.0 mpi/2021.8.0 mkl/2023.0.0

# 解压后进入 vasp 6.3.0 
tar xf vasp.6.3.0.tar.gz
cd vasp.6.3.0
cp arch/makefile.include.linux_intel ./makefile.include
make all

# 如果编译的节点没有 GPU 卡和 CUDA 环境，会在编译 GPU 版本时报错
# 编译完成后会在 vasp 根目录 bin 文件夹里生成 vasp_gam、vasp_ncl、vasp_std 三个可执行文件。

提交作业

step 1. 创建工作目录；

mkdir vaspJob1
cd vaspJob1

step 2. 将运行 vasp 需要的相关文件上传到该文件夹下；

step 3. 在该文件夹下编写作业脚本，并命名为 job.sh，脚本内容如下；

未名一号、生科一号未名二号

job.sh

#!/bin/bash
#SBATCH -o job.%j.out
#SBATCH --partition=C032M0128G
#SBATCH -J vasp_job_1
#SBATCH -N 2
#SBATCH --ntasks-per-node=32

module load intel/2017.1 vasp/5.4.4-intel-2017.1

mpirun -n 64 vasp_std > log

job.sh

#!/bin/bash
#SBATCH -J suc
#SBATCH --get-user-env
#SBATCH -N 2
#SBATCH --ntasks-per-node=32
#SBATCH --exclusive
#SBATCH --qos=low

module load vasp/6.2.0-oneapi_2023.0
mpirun -n 64 vasp_std > log

step 4. 提交作业

sbatch job.sh