LAMMPS

LAMMPS即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，可以翻译为大规模原子分子并行模拟器，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作，一般来讲，分子动力学所涉及到的领域，LAMMPS代码也都涉及到了。

LAMMPS 安装

step 1. 导入intel的编译环境；

# 编译环境根据实际情况导入
module load intel_parallel_studio/2018.0

step 2. 获取源码并解压；

wget https://download.lammps.org/tars/lammps-stable.tar.gz
tar xf lammps-stable.tar.gz
cd lammps-*

step 3. 最小化编译安装；

cd src
make intel_cpu_intelmpi
# 编译完后会生成可自行文件 lmp_intel_cpu_intelmpi，可以重命名为lmp

step 4. 编译时加入相应库，如QUIP

编译时加入quip可参考lib/quip下README进行安装。

cd LAMMPS_SRC_PATH/lib/quip  #LAMMPS_SRC_PATH为解压后安装包的路径，根据实际情填写
git clone https://github.com/libAtoms/QUIP.git QUIP
cd QUIP
export QUIP_DIR=${PWD}
export QUIP_ARCH=linux_x86_64_ifort_icc
make config
# Please enter the linking options for LAPACK and BLAS libraries:时输入-mkl然后回车
# GAP相关的部分输入y，其余选项默认
# 也可根据自己的需求进行配置
make libquip
# 在编译lammps前选择包含quip然后进行编译
make yes-user-quip
make intel_cpu_intelmpi
# 编译完后会生成可自行文件 lmp_intel_cpu_intelmpi，可以重命名为lmp

LAMMPS 运行

mpirun -np 32 ./lmp -in in.cu110

其中 ./lmp 是编译成功后生成的可执行文件，in.cu110 是输入文件。